A MotoGP időmérőjére már gyakorlatilag teljesen felszáradt az aszfalt Motegiben, így az azt megelőző negyedik szabadedzés végéhez hasonlóan már mindenki slick gumikkal gurult pályára. A Q1-ben a vb-dobogóért is harcban álló Alex Rins jelenléte volt a legmeglepőbb, a spanyol mégis csak a legvégén tudta kiharcolni a továbbjutást: utolsó körével ütötte ki a szezonban utolsó hétvégéjét futó Takaaki Nakagamit, így a suzukis lépett még tovább Cal Crutchlow mellett. Az első három mögött Francesco Bagnaia, majd három KTM-es következett, míg Jorge Lorenzo a 19. pozícióba kvalifikálta magát.
A Q2-t nagy lendülettel kezdte Marc Marquez: az első próbálkozások után bő fél másodperccel vezetett a repsolos motoros Jack Miller és Franco Morbidelli előtt. A nyolcszoros világbajnokot aztán később sem lehetett elkapni, így övé lett a rajtelsőség, idén már tizedik alkalommal – ezzel pedig Marquez immár elmondhatja magáról, hogy a versenynaptár összes jelenlegi pályáján szerzett már pole-t a MotoGP-ben!
Az első sorba Morbidelli és Fabio Quartararo, azaz a két Petronas Yamaha fért még be, míg a másodikba Maverick Vinales, Cal Crutchlow és Jack Miller. Andrea Dovizioso és Danilo Petrucci csupán a hetedik-nyolcadik helyeken végeztek a gyári Ducatikkal, míg Valentino Rossi elé még Aleix Espargaro is befurakodott (igaz, ők ketten ezredre azonos időt futottak), a Suzukik pedig csupán a 11-12. helyeken zártak. A királykategória futama magyar idő szerint vasárnap reggel 8 órakor startol.
Az időmérő edzés végeredménye:
| 1. | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'45.763 | |
| 2. | Franco MORBIDELLI | ITA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 1'45.895 | 0.132 / 0.132 |
| 3. | Fabio QUARTARARO | FRA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 1'45.944 | 0.181 / 0.049 |
| 4. | Maverick VIÑALES | SPA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'46.090 | 0.327 / 0.146 |
| 5. | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda CASTROL | Honda | 1'46.189 | 0.426 / 0.099 |
| 6. | Jack MILLER | AUS | Pramac Racing | Ducati | 1'46.337 | 0.574 / 0.148 |
| 7. | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 1'46.410 | 0.647 / 0.073 |
| 8. | Danilo PETRUCCI | ITA | Ducati Team | Ducati | 1'46.427 | 0.664 / 0.017 |
| 9. | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'46.558 | 0.795 / 0.131 |
| 10. | Valentino ROSSI | ITA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'46.558 | 0.795 |
| 11. | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'46.600 | 0.837 / 0.042 |
| 12. | Joan MIR | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'46.616 | 0.853 / 0.016 |
| Nem jutott be a Q2-be: | ||||||
| 13. | Takaaki NAKAGAMI | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 1'46.998 | |
| 14. | Francesco BAGNAIA | ITA | Pramac Racing | Ducati | 1'47.594 | |
| 15. | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'47.654 | |
| 16. | Miguel OLIVEIRA | POR | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 1'47.894 | |
| 17. | Mika KALLIO | FIN | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'47.979 | |
| 18. | Karel ABRAHAM | CZE | Reale Avintia Racing | Ducati | 1'48.121 | |
| 19. | Jorge LORENZO | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'48.492 | |
| 20. | Hafizh SYAHRIN | MAL | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 1'48.522 | |
| 21. | Sylvain GUINTOLI | FRA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'49.186 | |
| 22. | Andrea IANNONE | ITA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'49.243 | |
| Tito RABAT | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | |
||
