Az első, Andrea Dovizioso utolsó pillanatos elsőségét hozó szabadedzés után helyi idő szerint péntek délután újabb háromnegyed órás tréninggel folytatódott a legnagyobb géposztály programja Motegiben. A ducatis ezúttal is jól kezdett, hiszen egy ideig vezetett is, ám tíz perc elteltével a már délelőtt is remeklő Marc Marquez ugrott az élre. Közben többen is közelebbről megismerkedtek a sóderággyal: Stefan Bradl és Pol Espargaro is elszenvedett egy-egy kicsúszást az első harmadban.
Bár a középső szakaszban a legtöbb pilóta inkább a hosszabb etapokra koncentrált, voltak, akik így is gyorsulni tudtak: közéjük tartozott Dovizioso, aki ezzel ismét magához ragadta az irányítást, megfutva a hétvége legjobb körét. Borzalmasan szoros volt egyébként az állás: Valentino Rossi, aki mindössze a tizedik pozíciót foglalta el a fináléra fordulva, alig több mint fél másodperccel volt elmaradva éllovas honfitársától.
Már az utolsó hét percben jártunk, amikor Marquez, aki korábban már bemutatott egy nagy mentést, alacsony tempónál egy elcsúszást is elkönyvelhetett. Ám míg ő szinte zavartalanul tudta folytatni a körözést, a másodpercekkel később hatalmasat repülő Dani Pedrosánál az is csoda volt, hogy csupán a vállát fájlalta ezek után (azóta kiderült, eltört a kulcscsontja) – nem úgy, mint Eugene Laverty, aki szintén csúnya bukást szenvedett el, s őt hordágyon kellett elszállítani a helyszínről, s a spanyolhoz hasonlóan bevitték az orvosi központba további vizsgálatok céljából.
A hajrában aztán nem csak a bukások sorjáztak, hanem a jobbnál jobb köridők is: Rossi, Dovizioso és Maverick Vinales is át tudta venni a vezetést aktuálisan leggyorsabb körének köszönhetően. Az elsőséget aztán végül Jorge Lorenzo kaparintotta meg a Yamahával, maga mögé utasítva Doviziosót, Vinalest és a végül csak negyedikként végző Marquezt – ezzel négy gyártó is képviseltette magát a legjobbak között. Crutchlow lett a legjobb szatellit versenyző a maga ötödik helyével, míg Rossinak be kellett érnie a hetedik pozícióval – igaz, ő is négy tizeden belül volt csapattársához képest. Folytatás vasárnap a harmadik edzéssel, amely után eldől, ki melyik szakaszába jut az időmérőnek.
A 2. szabadedzés végeredménye:
| 1. | Jorge LORENZO | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'45.151 | |
| 2. | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 1'45.204 | 0.053 / 0.053 |
| 3. | Maverick VIÑALES | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'45.248 | 0.097 / 0.044 |
| 4. | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'45.303 | 0.152 / 0.055 |
| 5. | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda | Honda | 1'45.501 | 0.350 / 0.198 |
| 6. | Aleix ESPARGARO | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'45.513 | 0.362 / 0.012 |
| 7. | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'45.532 | 0.381 / 0.019 |
| 8. | Danilo PETRUCCI | ITA | OCTO Pramac Yakhnich | Ducati | 1'46.172 | 1.021 / 0.640 |
| 9. | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'46.227 | 1.076 / 0.055 |
| 10. | Pol ESPARGARO | SPA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 1'46.245 | 1.094 / 0.018 |
| 11. | Stefan BRADL | GER | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'46.367 | 1.216 / 0.122 |
| 12. | Alvaro BAUTISTA | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'46.834 | 1.683 / 0.467 |
| 13. | Eugene LAVERTY | IRL | Pull & Bear Aspar Team | Ducati | 1'46.853 | 1.702 / 0.019 |
| 14. | Hector BARBERA | SPA | Ducati Team | Ducati | 1'46.876 | 1.725 / 0.023 |
| 15. | Yonny HERNANDEZ | COL | Pull & Bear Aspar Team | Ducati | 1'46.981 | 1.830 / 0.105 |
| 16. | Scott REDDING | GBR | OCTO Pramac Yakhnich | Ducati | 1'47.032 | 1.881 / 0.051 |
| 17. | Katsuyuki NAKASUGA | JPN | Yamalube Yamaha Factory Racing | Yamaha | 1'47.135 | 1.984 / 0.103 |
| 18. | Jack MILLER | AUS | Estrella Galicia 0,0 Marc VDS | Honda | 1'47.244 | 2.093 / 0.109 |
| 19. | Tito RABAT | SPA | Estrella Galicia 0,0 Marc VDS | Honda | 1'47.972 | 2.821 / 0.728 |
| 20. | Loris BAZ | FRA | Avintia Racing | Ducati | 1'48.669 | 3.518 / 0.697 |
| 21. | Bradley SMITH | GBR | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 1'48.897 | 3.746 / 0.228 |
| 22. | Mike JONES | AUS | Avintia Racing | Ducati | 1'50.955 | 5.804 / 2.058 |
