A pénteki két esős tréning után szombatra kitisztult az időjárás és a pálya is felszáradt Suzukában, így rendkívül mozgalmas harmadik szabadedzés várt a mezőnyre, hiszen most kellett bepótolniuk az előző nap elmaradt munkát. A legjobban a Renault-motoros autók kezdték a gyakorlást, hiszen az első körök után Daniel Ricciardo vezetett, mögötte pedig Max Verstappen, Carlos Sainz, Danyiil Kvjat sorrendben következtek a Toro Rossók és a másik Red Bull.
Húsz perccel a leintés előtt aztán megérkeztek a Mercedesek, és Nico Rosberg, Lewis Hamilton sorrendben az élre is álltak. Őket végül nem is tudták már megelőzni, így a szingapúri gyengélkedésük után ismét ők látszanak az időmérő legfőbb esélyeseinek. Ricciardo végül meg tudta tartani mögöttük a harmadik helyét: az ausztrál lemaradása fél másodperc volt a győztes némettel szemben.
A negyedik és ötödik helyekre a Williamsek zárkóztak fel Valtteri Bottas, Felipe Massa sorrendben, míg a Ferrarik közül ezúttal Kimi Raikkönennek sikerült jobban az edzés, a finn ugyanis hatodik lett. A 2014-ben az első szabadedzésen épp itt bemutatkozó Max Verstappen hetedikként végzett, megelőzve a múlt hétvégén győztes Sebastian Vettelt, a legjobb tízbe pedig Romain Grosjean és Carlos Sainz fért még be. Jenson Button révén a McLaren-Honda egy 12. helyezést tud felmutatni, míg a sort „természetesen” ezúttal is a Manorok zárják.
A Formula-1-es Japán Nagydíj programja magyar idő szerint reggel 8 órakor folytatódik az időmérő edzéssel.
A 3. szabadedzés végeredménye: