A „kombinált gépjárművek”, röviden kombik, immár hagyományosan a ŠKODA modellpalettájának állandó tagjai. Előfutáruknak tulajdonképpen az L&K 110 típus tekinthető, amely a húszas évek közepén már cserélhető vagy kombinálható hátsó modullal is szerepelt a kínálatban – így munkanapokon a vállalkozás szállítójárműveként, míg vasárnap a családi kirándulások teljes értékű személyautójaként szolgálhatott. 1934-től a POPULAR sorozat 300 kilogramm hasznos teherbírású, könnyű haszongépjármű-változatai váltak annyira népszerűvé, hogy olyan ismert cégek is flottajárműként használták őket, mint például a Baťa vagy a Julius Meinl. A negyvenes évek végén a ŠKODA 1101/1102 „Tudor” műszaki alapjain az áruszállító karosszériák mellett a Station Wagon (STW) kombi is megjelent, amely jóval nagyobb üvegfelületein és gazdagabb felszereltségén túl mindenekelőtt variálható belterével tűnt ki: hátsó ülését lehajtva akár 1490 milliméter hosszú és 980 - 1390 milliméter széles csomagtérfelületet kínált. Sorozatgyártású változatát, amely Vrchlabí és Kvasiny gyáraiban gördült le a szerelőszalagról, számos prototípus előzte meg. 1953 tavaszától készült Vrchlabíban a tágas ŠKODA 1200 STW kombi, amelyet korszerűbb változatában 1201 STW jelzéssel egészen 1961 októberéig gyártottak. Utódja, a ŠKODA 1202 STW, az elkövetkező tizenkét év során a ŠKODA modellkínálatához tartozott.
A ŠKODA legnépszerűbb kombijának azonban kétségkívül az OCTAVIA COMBI bizonyult, amelynek első prototípusa 1959 szeptemberében született meg, egy évvel később pedig már brnói premierjén vonzotta a tekinteteket. 1961 és 1971 között 54 086 példányban hagyta el Kvasinyi gyárát, s külföldön is keresetté vált, például az 1966-os év során gyártott teljes volumen figyelemreméltó 72 százaléka került exportra. 1997-től az OCTAVIA COMBI már a sorozat első modern generációjának tagjaként folytatta e sikereket.
1959 tavaszától a ŠKODA 1000 MB formájában az akkor már közel 65 esztendős vállalat történetének egyik legjelentősebb fejlesztését készítették elő Mladá Boleslavban. Az alvázas konstrukciót innovatív önhordó karosszéria volt hivatott felváltani, emellett szakítva az orrmotor-hátsókerékhajtás hagyományos koncepciójával – s a hatvanas évek elején világszerte kifejezetten korszerű megoldásként – a teljes hajtásrendszert az autó hátuljába helyezték át. Mindeközben új és korszerű, nemzetközi szinten is az élvonalhoz tartozó gyárlétesítmények épültek Mladá Boleslavban, ahol 1964 áprilisában legördült a szerelőszalagról az 1000 MB első lépcsőshátú változata. Kvasiny és Vrchlabí üzemeinek segítségével az 1963 és 1973 közötti mindössze tíz év alatt csaknem négyszeresére – 42 550-ről 162 208 járműre – sikerült bővíteni a ŠKODA márka éves termelési volumenét.
A ŠKODA 1000 MB sorozatgyártású változatáig a 990 NOV projekten (Nový Osobní Vůz – új személygépkocsi) keresztül vezetett az út, amelynek fejlesztése 1959-ben vette kezdetét Mladá Boleslavban, s 1961 októberéig egy ötven prototípusból álló sorozat készült belőle. A zárt, négyajtós lépcsőshátú karosszéria különféle változatai mellett a későbbi ŠKODA 1000/1100 MBX sorozatgyártású modellhez hasonló, felső B-oszlop nélküli alternatív négyajtós változatokon is dolgoztak. Prototípusként egy nyitott, 2+2-üléses, farmotoros ŠKODA 990/991 roadster is született. 1963 februárjában fejeződött be az ötvendarabos NOV-sorozat 34-es sorszámú prototípusának átalakítása, amely során egy több mint 31 ezer kilométert futott lépcsőshátú modellt kombivá építettek át. A konstruktőrök itt elsősorban azon műszaki problémával szembesültek, hogy a farmotor ez esetben a csomagtérpadlózat alá esett, a soros négyhengeres aggregát így fekvő helyzetben, hengerfejével balra kapott helyet. E beépítési pozíció ihlette a „Hajaja” becenevet, vagyis a rádiós estimesék sorozatának címét. A motor jobb oldalán vízhűtőt helyeztek el, mivel külföldi vetélytársai hasonló konstrukciójú modelljeitől eltérően a ŠKODA nem léghűtést alkalmazott.
A csomagtartó felfelé nyíló, felső helyzetében fémrúddal rögzíthető csomagtérajtón keresztül tárult fel, s a 4150 milliméter hosszú, 1620 milliméter széles és 1400 milliméter magas kombiban akár 1600 milliméter hosszú tárgyakat is szállíthattak. A 2400 milliméteres tengelytáv megegyezett a lépcsőshátú alapmodellével. A motor a hajtott hátsó tengely mögötti elhelyezése a jármű elejében egy második csomagtartó kialakítását is lehetővé tette, amely egyben a biztonsági gyűrődőzóna feladatát is ellátta. Az összesen 380 kilogramm terhelhetőségből a négy személy egyenként 75 kilogramm tömegét levonva 80 kilogramm maradt a csomagok számára. A 811,5 kilogrammos saját tömeg 61 százaléka jutott a hátsó tengelyre, míg teljes terhelés mellett ez az arány 59,5 százalékra csökkent.
Az 1963 májusa és júniusa közötti háromhetes tesztprogram során a prototípus mintegy hétezer kilométert tett meg, s 74 kilométer/óra átlagsebesség mellett 100 kilométerenként 7,6 literes üzemanyag-fogyasztást mértek. A 988 köbcentiméteres, 4650-es percenkénti fordulatszámnál 42 lóerőt (31 kW) produkáló, négyhengeres erőforrással 115 kilométer/óráig gyorsulhatott a „Hajaja”. A jármű előnyei között szerepelt tágas beltere és két csomagtartójának bőséges térfogata, míg hátrányaként hátsó csomagtérpadlózata alatti, bonyolult motorbeépítése jelentkezett, ami jelentősen megnehezítette a karbantartást, de a szűk hely miatt a négyhengeres motor hűtésével is adódtak problémák. Ezért is született végül az a döntés, hogy a kombit nem veszik fel a modellprogramba, s a ŠKODA inkább a rendkívül sikeres lépcsőshátú 1000/1100 MB sorozatgyártásának beindítására összpontosított. 1964 és 1969 között 440 639 darabot szállítottak ki belőle az ügyfeleknek, s egyetlen további változataként csupán a felső B-oszlop nélküli, tetszetős megjelenésű, kétajtós 1000/1100 MBX (1966 - 1969: 2517 kiszállított példány) készült. A praktikus kombimodell iránti vásárlói igények kielégítésére egészen 1971-ig az OCTAVIA COMBI szerepelt a gyártási programban.
A valaha készült egyetlen ŠKODA 990 „Hajaja” prototípus ma a Mladá Boleslav-i ŠKODA Múzeum kiállítási gyűjteményét gyarapítja.