A korábbi esőzéseknek köszönhetően az előrejelzéseknek megfelelően vizes pálya fogadta szombat délelőtt a MotoGP-seket Brnóban. A tempót az első köröktől kezdve Marc Marquez diktálta, de értelemszerűen a köridők jócskán elmaradtak a pénteki eredményektől. A repsolosnak egyébként jelentős volt az előnye, a tréning felénél bő fél másodperccel vezetett Maverick Vinales előtt, de elöl szerepelt Sylvain Guintoli, Danilo Petrucci és Valentino Rossi is.
Bár a Nap kisütött és a körülmények javultak, ahhoz nem eléggé, hogy előkerüljenek a slick gumik. Marquezt pedig nem is tudták megállítani, a számára rendre kedvező állapotok között megint a leggyorsabb volt. Az összesített listán viszont nem történt változás a tegnapi FP2 utáni helyzethez képest, így Fabio Quartararo, Marquez, Jack Miller, Andrea Dovizioso, Vinales, Alex Rins, Franco Morbidelli, Cal Crutchlow, Rossi és Petrucci jutott be automatikusan az időmérő második szakaszába.
A 3. szabadedzés végeredménye:
| 1. | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 2'04.279 | |
| 2. | Maverick VIÑALES | SPA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 2'04.867 | 0.588 / 0.588 |
| 3. | Sylvain GUINTOLI | FRA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 2'05.173 | 0.894 / 0.306 |
| 4. | Danilo PETRUCCI | ITA | Ducati Team | Ducati | 2'05.410 | 1.131 / 0.237 |
| 5. | Valentino ROSSI | ITA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 2'05.731 | 1.452 / 0.321 |
| 6. | Fabio QUARTARARO | FRA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 2'06.219 | 1.940 / 0.488 |
| 7. | Joan MIR | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 2'06.328 | 2.049 / 0.109 |
| 8. | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 2'06.335 | 2.056 / 0.007 |
| 9. | Miguel OLIVEIRA | POR | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 2'06.345 | 2.066 / 0.010 |
| 10. | Andrea IANNONE | ITA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 2'06.381 | 2.102 / 0.036 |
| 11. | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda CASTROL | Honda | 2'06.527 | 2.248 / 0.146 |
| 12. | Jack MILLER | AUS | Pramac Racing | Ducati | 2'06.539 | 2.260 / 0.012 |
| 13. | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 2'06.599 | 2.320 / 0.060 |
| 14. | Franco MORBIDELLI | ITA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 2'06.616 | 2.337 / 0.017 |
| 15. | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 2'06.779 | 2.500 / 0.163 |
| 16. | Johann ZARCO | FRA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 2'07.031 | 2.752 / 0.252 |
| 17. | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 2'07.114 | 2.835 / 0.083 |
| 18. | Karel ABRAHAM | CZE | Reale Avintia Racing | Ducati | 2'07.383 | 3.104 / 0.269 |
| 19. | Takaaki NAKAGAMI | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 2'07.414 | 3.135 / 0.031 |
| 20. | Stefan BRADL | GER | Repsol Honda Team | Honda | 2'07.872 | 3.593 / 0.458 |
| 21. | Francesco BAGNAIA | ITA | Pramac Racing | Ducati | 2'07.944 | 3.665 / 0.072 |
| 22. | Tito RABAT | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 2'08.199 | 3.920 / 0.255 |
| 23. | Hafizh SYAHRIN | MAL | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 2'08.325 | 4.046 / 0.126 |
