Akárcsak két héttel korábban, Ausztráliában, a McLarennek Malajziában sem volt ellenfele a 2012-es szezon elején. Ám amíg Melbourne-ben Jenson Button volt a wokingiak zászlóvivője, Sepangban már Lewis Hamilton vitte a prímet – igaz, akárcsak itt, az Albert Parkban is a 2008-as bajnok hódította el a pole-pozíciót. Az időmérő szoros eredményt hozott, a McLarenek mögött több csapat, a Red Bull, a Mercedes, a Lotus keveredett egymással, a győzelemben reménykedő Ferrari viszont csak egy kilencedik (Alonso) és egy tizenkettedik (Massa) rajtpozíciót tudott kisajtolni magából.
A rajt előtti pillanatokra jósolt eső annak rendje és módja szerint meg is érkezett, a két HRT-n kívül pedig mindenki intermediate abroncsokkal vágott neki a 56 körös száguldásnak. A rajtnál a két McLaren megőrizte pozícióját, Romain Grosjean viszont rakétaként lőtt ki a hetedik helyről, és az első kanyarban a harmadik helyen fordult el. A francia remeklése nem több, mint négy kanyarig tartott, ugyanis összeakadt Michael Schumacherrel. Mivel a negyedik körben végleg kicsúszott, két futam alatt mindössze öt kör állt a neve mellett, hiszen Melbourne-ben már az első kört a kavicságyban végezte.
2012 F1 Malaysia GP Official Race Edit from x_men_naruto96 on Vimeo.
A Lotus-pilóta az egyre nagyobb intenzitással hulló égi áldás áldozata lett, egyvalaki azonban hatalmasat szakított: Perez már a második körben extrém esőgumikra váltott, és mire a többiek észbe kaptak, a sauberes már a harmadik helyen autózott a McLarenek mögött! A körülmények azonban kezdtek katasztrofálissá válni, a versenybíróság ezért a hetedik körben beküldte a biztonsági autót, két fordulóval később pedig meg is szakították a futamot a pályán lévő, „derékig érő” víz miatt.
A kényszerszünet ötven percig tartott, és amikor az ég kezdett kitisztulni, a pálya pedig felszáradni, ismét kezdetét vehette a száguldás. A safety car négy körrel később engedte el a mezőnyt, a mezőny nagy része pedig a bokszba szaladt intermediate-ekért: a kavarodásból Alonso jött ki a legjobban, hiszen átvette a vezetést, Jenson Button azonban átkozhatta sorsát: a brit második helyét dobta el Narain Karthikeyannal történt ütközése miatt, és már nem is tudott visszazárkózni a pontzónába.
Ekkor Sergio Perez vezetett, és amikor cseréje után visszatért a pályára, Alonso éppen csak el tudott slisszolni mellette. Az igazi harc azonban ezután következett: bár a spanyol előnye egy körben több, mint hét másodpercre rúgott 40. körben megejtett kiállásáig Sergio Perez másfél másodpercre faragta le a hátrányát. Sokan már akkor a Sauber történetének első diadalát vizionálták (a BMW-s időket nem számítva), a csodálkozás pedig még nagyobb lett, amikor a mexikói pilóta újabb hét másodpercet dolgozott le Alonsóval szemben a slick abroncsokra váltás után.
Amikor Perez lőtávolban autózott a spanyol mögött, a Sauber bokszfaláról rászóltak, hogy hozza haza az autót – lehet, nem kellett volna, hiszen a kör vége felé megcsúszott, és elveszítette az esélyt arra, hogy megpróbálkozzon az előzéssel. Második helyét azonban így is megőrizte, a célban 2,2 másodpercre elmaradva a Ferraritól, és több mint 11 másodperccel Lewis Hamilton McLarenje előtt. Már a Sauber ominózus rádióüzeneténél felmerült a pletyka, hogy a csapat nem akarja megsérteni motorszállítóját, a hinwiliek a futam után azonban rögtön cáfolták a híreszteléseket.
Noha az élen nem változott a helyzet, hátrébb zajlott az élet: a negyedik hely felé tartó Vettelnek, akárcsak Button esetében, ezúttal is Karthikeyan tett keresztbe. A red bullos egy lekörözésnél érintette a HRT jobb első szárnyvéglapját, melynek következtében saját bal hátsó abroncsa defektet kapott, így pedig éppen csak kiszorult a pontszerzők közül. Egyébként meglepően kevés kiesőt hozott a kaotikusan alakuló Malajziai Nagydíj, hiszen csak a verseny elején kicsúszó Grosjeantól és a 46. körben fékhiba miatt kiálló Kamui Kobayashitól kellett búcsút vennünk.
Fernando Alonso örömittasan szelte át a célvonalat a leintéskor, versenymérnöke, Andrea Stealla pedig az egyik legjobb teljesítménynek nevezte a spanyol futását, megkönnyezve a befutót. Az igazi sztár azonban Perez lett: ekkortól tartotta magát folyamatosan a pletyka, hogy akár már év közben, de legkésőbb 2013-ban válthatja Felipe Massát a maranellóiaknál. A mexikói év végén valóban váltott, de a vörösök helyett a McLaren csapott le rá – mint később kiderült, csaknem karrierje bánta az ambiciózus döntést.
