Első ízben három évvel a tragédia után, 1997-ben hirdettek ítéletet, az olasz bíróság felmentette Frank Williams csapattulajdonost, Patrick Head technikai igazgatót és Adrian Newey-t, az autó tervezőjét, valamint a San Marinó-i Nagydíj három tisztviselőjét. A Williams istálló vezetőit emberöléssel vádolták, a vád szerint ugyanis az autó kormánya meghibásodott, és ez vezetett a tragédiához.
Úgy tűnt, az ügy elcsendesedik, 1999 nyarán azonban az ügyészek fellebbeztek az ítélet ellen. Vélekedésük szerint Head és a már McLarennél dolgozó Newey felelt a versenyző halálát okozó balesetért, mivel ők felügyelték az autó tervezését, ők hagyták jóvá a hibás kormányoszlopot. A két vádlottra egy év felfüggesztett börtönbüntetést kértek. A fellebbezés Frank Williamsre nem vonatkozott: ő az 1997-es perben bebizonyította, hogy a csapat műszaki tevékenységeiben nem vesz részt. Ennek ellenére kérvényezte, hogy a tárgyaláson megjelenhessen, és segíthesse tisztázni az istálló nevét.
Az első meghallgatást követően a bíró úgy találta, hogy bár Head és Newey feleltek az autó tervezéséért, nem folytak bele abba a folyamatba, amely során lerövidítették a kormányrudat. Ez azonban továbbra is feltételezte, hogy a baleset a kormány hibájából következett be, és vannak más csapattagok, akik felelősnek nevezhetők a történtekért.
A november 22-i ítélethirdetés során ismét felmentették a két szakembert, lényegében azzal, hogy kimondták: a balesetet nem a kormány meghibásodása okozta, tehát tulajdonképpen nem történt bűncselekmény. Ez ellentétes az eredeti, 1997-es ítélettel, amelyben egyszerűen annyit állapítottak meg, hogy nem Head és Newey felelős a hibás alkatrészért. Head ügyvédje levezette, hogy a tragédiához események sora vezetett, amelyek egyike sem jogellenes.
Öt biztonsági autó mögötti kört követően a Williams más állapotban volt, mint ami megszokott, majd az autó eltalált egy bukkanót a Tamburello kanyarban, a pálya piszkos részét elérő első kerekek miatt a Williams irányíthatatlanná vált. Senna nem kormányzott – ellentétben Michael Schumacherrel, aki ebben az évben Silverstone-ban szenvedett lábtöréssel járó balesetet –, hanem egyenesen tartotta az autót, hogy fékezhessen. A kormány végül a fallal való több mint 200 km/h-s sebességnél történt ütközés következtében tört el.
Azonban az ügy ezen a ponton sem ért véget. 2003-ban – már kilenc évvel a tragédia után – az olasz legfelsőbb bíróság érvénytelenítette az ítéletet, és új tárgyalást írt ki, mivel az 1999-es procedúra szabálytalanul zajlott. Ekkor még a két olaszországi nagydíj jövője is veszélybe került, a vádlottakat azonban újból felmentették.
