A verseny még a régi, 14 kilométeres Spában zajlott a későn kezdődő szezon második állomásaként. Az időmérőt John Surtees nyerte a Ferrarival Jochen Rindt és Jackie Stewart előtt, bár a mezőny létszáma még mindig foghíjas volt. A 20 nevezőből végül 15-en jutottak el a rajtrácsig, a kimaradók között volt például az új csapatával első szárnypróbálgatásait végző Bruce McLaren is.
Vasárnapra aztán hatalmas vihar érte el a pályát, ami a rajt előtt és a verseny elején is áztatta az aszfaltot, gondoskodva arról, hogy a 15 indulóból nyolc már az első körön se jusson túl. Közülük még Clark volt a legszerencsésebb, akinek autója lerobbant, miután víz folyt a motorba, a többiek kiesése azonban jóval veszélyesebben alakult. Denny Hulme, Mike Spence, Jo Siffert és Jo Bonnier egyaránt a Burneville kanyarban csúsztak ki, a svéd Bonnier Cooperje ráadásul hajmeresztő módon állt meg a domb szélén, éppen elkerülve a zuhanást.
A Masta Kink kanyarban aztán Rindt is megpördült, ő azonban megúszta ütközés nélkül és tovább tudott menni - nem úgy Graham Hill, Bob Bondurant és Jackie Stewart, akiknek versenye itt fejeződött be. A skót a korabeli jelentések szerint egy telefonpóznának csapódott és autójába szorult, miközben a szivárgó üzemanyag a pilótafülkébe csorgott. Hill és Bondurant siettek a segítségére, és sikerült kimenteniük Stewartot, mielőtt a BRM lángra lobbant volna. Ez a halálközeli élmény ébresztette fel a második F1-es szezonját futó Stewartban igazán a veszélyérzetet, így ez a spái eset is közrejátszott abban, hogy innentől fogva az autók és a pályák biztonságosabbá tétele mellett kardoskodott a sportban.
A verseny azonban a megrostálódott mezőny ellenére is folyt tovább, ám már jóval nyugodtabb mederben, hiszen a hátralévő 27 körben más senki más nem esett ki. Az első körökben Rindt átvette a vezetést Surteestől, az eső azonban idővel elállt, és a száradó pályán a brit tudott erősebb tempót diktálni, így öt körrel a leintés előtt visszaszerezte az első helyet. Rindt lett a második a Cooperrel, míg Lorenzo Bandini révén a Ferrari kettős dobogónak örülhetett a viszontagságos futam végén.
Előzetesen éppen a Belga Nagydíjat jelölték ki a John Frankenheimer által rendezett Grand Prix című film egyik élő forgatási helyszíneként, így az a nehéz körülmények miatt néhány, a tervezettnél is látványosabb képsorokat kaphatott. Az autókra szerelt kameráknak köszönhetően a film jeleneteinek egy része valódi versenyekről származik, így az autóban Surtees és Bandini „helyettesítették” a mozivásznon szereplő kitalált karaktereket, Jean-Pierre Sartit és Nino Barlinit.
